Marko Perković Thompson nikada nije skrivao koliko mu podrška obitelji znači u svemu što radi. Upravo je na nagovor sina Ante odlučio prekinuti dvogodišnju pauzu i vratiti se koncertnim nastupima. Na nagovor sina prošle godine je nastupio u Imotskom i Dugopolju, a ove godine 5. srpnja na zagrebačkom Hipodromu te večeras na hipodromu u Sinju. Kako je otkrio u intervjuu za HRT njegova obitelj bila mu je podrška iz publike na zagrebačkom koncertu, a nema sumnje kako će ga bodriti i večeras u Sinju.
Iako svoj privatni život nastoji čuvati daleko od reflektora, poznato je da je prije 21 godinu upoznao ženu svog života – Sandru Rogić, Kanađanku hrvatskih korijena. Njihova ljubavna priča započela je sasvim slučajno, na koncertu u Torontu, gdje je Sandra došla bez posebnih očekivanja. Nakon nastupa poželjela se fotografirati s pjevačem, a susret koji je započeo običnim poziranjem ubrzo je prerastao u ljubav. Po povratku u Hrvatsku, Thompson je svojim prijateljima priznao da je upravo Sandra ona s kojom želi provesti život. Sudbonosno “da” izrekli su u crkvi sv. Ilije u Kljacima, nedaleko od Čavoglava, dok su svadbeno slavlje priredili 14. veljače 2006., simbolično na Dan zaljubljenih – tri godine nakon što su sklopili civilni brak.
Njihov obiteljski život postupno se širio: prvo dijete, sin Šimun, rođen je 2003., a 2005. stigao je i Ante Mihael. Dvije godine kasnije dobili su kćer Divu, dok su 2010. obitelj obogatile blizanke Katarina i Cvita. U potrazi za mirnijim životom bliže njegovim korijenima, Sandra i Marko 2013. preselili su iz Zagreba u Split, a danas žive u četvrti Žnjan. Govoreći o roditeljstvu, Thompson ističe da mu je uloga oca najvažnija i da nikada nije želio da njegova djeca osjete teret njegove karijere.
Svoju ljubav prema supruzi pretočio je u jednu od najpoznatijih balada, Samo je ljubav tajna dvaju svjetova. “Tekst pjesme nastao je iz osjećaja koje gajim prema njoj. Htio sam joj zahvaliti na svu ljubav koju pruža meni i našoj djeci te na svemu što čini za našu veliku obitelj. Sandra je svoj život potpuno posvetila nama, a ta pjesma je moj mali znak zahvalnosti,” izjavio je za Večernji list.